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Mitsuha Miyamizu es una chica de secundaria que vive en la pequeña ciudad de Itomori, cerca de la región de Hida. Está aburrida de la vida en el campo y pide un deseo el cual es ser un chico y vivir en [Tokio]. Ella comienza a cambiar de cuerpo intermitentemente con Taki Tachibana, un chico de secundaria de Tokio, cuando ambos duermen. Pronto, comienzan a comunicarse escribiéndose mensajes en papel, teléfonos y, a veces, en la piel del otro. Mitsuha hace que Taki desarrolle una relación con su compañera de trabajo Miki, de quien está enamorado y a quien no se atreve a hablarle, mientras que Taki hace que Mitsuha se vuelva popular en la escuela.
Un día, Taki, en el lugar de Mitsuha, acompaña a su abuela y hermana a dejar el ritual alcohol kuchikamizake, hecho por Mitsuha, como una ofrenda en el santuario familiar en la cima de una montaña a las afueras de la ciudad. Se cree que el santuario representa el cuerpo del dios guardián del pueblo que gobierna las experiencias y conexiones humanas. La última nota de Mitsuha le cuenta a Taki acerca del cometa que se espera que pase sobre la Tierra el día del festival de su ciudad...
